Crijevna mikroflora ili mikrobiota crijeva je izraz kojim označavamo sve mikroorganizme koji su nastanjeni u probavnom traktu. Kod dojenčadi se mikroorganizmi koji čine crijevnu mikrofloru tek moraju nastaniti i razviti. Razne studije ukazuju da kolonizacija crijeva (nastanjivanje mikroorganizama) započinje već u maternici. Crijevna flora dojenčeta mijenja se s vremenom. Zdrava crijevna flora je važna baza za općenito zdravlje. Dobre crijevne bakterije (poput bifidobakterija i laktobacila) imaju važnu ulogu u borbi protiv patogenih bakterija. Na taj način mogu se izbjeći infekcije. Dodatno, crijevna mikroflora potiče razvoj imunološkog sustava koji je nakon rođenja još uvijek nezreo.