Alergije mogu imati različite uzroke. Na primjer, bebe rođene carskim rezom imaju značajno veći rizik od razvoja alergija nego bebe rođene prirodnim putem. Genetski čimbenici, prehrana i utjecaji okoliša također igraju odlučujuću ulogu u odnosu na rizik od razvoja alergija.
U konačnici, odlučujući razlog za pojavu alergija je imunološki sustav koji nije u ravnoteži. Naše tijelo obično može razlikovati bezopasne i štetne utjecaje. Jedete li, primjerice, jagode, imunološki sustav registrira da te jagode ne predstavljaju nikakvu opasnost. Međutim, ako imate neuravnotežen imunološki sustav, Vaš imunološki sustav može se iznenada obraniti od jagoda kao da su zlonamjerni napadači.
U mnogim slučajevima, oslabljeni imunološki sustav rezultat je neuravnotežene crijevne mikroflore. Naša crijeva koloniziraju oko dva kilograma korisnih bakterija poput laktobacila. Ako postoji neravnoteža između "korisnih" i "štetnih" bakterija ili ako tijelu nedostaje korisnih bakterija, razvoj imunološkog sustava je oslabljen.
To je i razlog zašto je kod beba rođenih carskim rezom znatno veći rizik od alergija. U prirodnom porodu, bebina crijevna mikroflora sastoji se od mnogih korisnih bakterija, koje nastaju kada beba dođe u kontakt s majčinim vaginalnim sekretom i crijevnim bakterijama. Međutim, to nije slučaj kod poroda carskim rezom. Osobito nedostaju bifidobakterije i prirodne "starter kulture" laktobacila, kulture bakterija mliječne kiseline. Stoga postoji povećani rizik od alergija – a time i rizik od astme.